PCTO: che validità hanno gli accordi firmati digitalmente dal DS ma con firma autografa da parte delle aziende?

Stiamo gestendo l'organizzazione delle attività per i PCTO del nostro istituto.
Abbiamo il problema delle firme dei documenti necessari (convenzione con l'azienda ospitante e progetto formativo dello studente). Utilizziamo un gestionale che ci consente di creare i documenti, protocollarli e firmarli digitalmente dal DS. I documenti così formati vengono poi inviati alle aziende che, nella quasi totalità dei casi, ci restituisce un documento con firma autografa.
Che valore ha un documento di questo tipo, cioè firmato da una parte digitalmente e dalla controparte analogicamente?
In alternativa, potrebbe essere valido predisporre il documento con la dicitura "Firma autografa sostituita a mezzo stampa secondo le disposizioni di cui all'art. 3 DL 39 del 12/12/1993" su cui poi viene apposta la firma della controparte?
Grazie mille